Ca ne répond pas à tous les critères car je ne crois pas que ce soit libre, et ça fait plus que demandé… Mais pour faire ça j’utilise Obsidian (avec sync sur Git ou cloud).

En équivalent open source il y a Logseq et Trilium (que je n’ai pas essayé). Peut-être Notion qui n’est probablement pas open source ?

Mais ce sont des solutions bien plus grosses que de simples prise de notes.

Si tu veux juste faire du MD avec des relations et/ou tag, en gros faire un Zettelkasten, l’outil que je préfère est The Archive mais c’est hors propos car payant et sur MacOS.

Sur leur forum certains proposent Mindforger et Zettlr.

Zettlr serait celui que j’utiliserai sur Windows pour remplacer The Archive. FOSS, offline (ou cloud c’est toi qui choisi), fait pour le Zettlekasten. Pour le cryptage je ne sais pas mais tu peux crypter l’endroit où tes fichiers .md sont enregistrés au niveau de l’OS.